Federalno tužilaštvo FBiH je zakonom ovlašteno da može narediti sprovođenje istrage u svim predmetima iz nadležnosti kantonalnih tužilaštava. Sadašnja kadrovska i materijalna osposobljenost Federalnog tužilaštva FBiH, kao i obaveze pred Vrhovnim sudom FBiH, ne omogućava angažovanje federalnih tužilaca Općeg odjela u prvostepenom krivičnom postupku. Zakonom o suzbijanju korupcije i organiziranog kriminala u Federaciji Bosne i Hercegovine «Službene novine Federacije BiH», broj 59/14 od 23.7.2014. osnovan je i Posebni odjel Federalnog tužilaštva FBIH, koji je sa radom počeo 30.04.2025. godine.  Tužioci Posebnog odjela, u skladu sa nadležnostima Posebnog odjela, angažovani su u prvostepenom krivičnom postupku pred Posebnim odjelom Vrhovnog suda FBIH.